Fatih Tekke, hem futbolcu hem de teknik direktör olarak Fenerbahçe'ye karşı pek çok unutulmaz maç çıkardı. 2014-15 sezonunda Kayseri Erciyesspor'un başında Kadıköy'de oynanan 1-1'lik beraberlik, Fenerbahçe'nin zirve yarışında puan kaybetmesine neden oldu. 2022-23 sezonunda İstanbulspor teknik direktörü olarak Kadıköy'de oynanan 3-3'lük maçta Fenerbahçe'nin şampiyonluk yarışında yara almasını sağladı. 2023-24 sezonunda ise Alanyaspor ile 2-2 berabere kalarak, Fenerbahçe'yi liderlik yarışında geride bıraktı. Bu üç sezonda Fenerbahçe, şampiyonlukları Galatasaray'a kaybetti.
Fatih Tekke'nin Fenerbahçe'ye karşı en önemli anlarından biri de futbolculuk döneminde geldi. Trabzonspor formasıyla 2002-2006 yılları arasında Kadıköy'de Fenerbahçe'ye gol atarak büyük bir başarıya imza attı. Özellikle 2005-2006 sezonunda Kadıköy'de kaydettiği golle Fenerbahçe'nin 12 maçlık galibiyet serisini sonlandırdı ve 2-2'lik beraberliği sağladı.
Tekke'nin Trabzonspor Teknik Direktörü olarak Ziraat Türkiye Kupası çeyrek finalinde Bodrum FK'yı 3-2 yendikleri maç sonrası yaptığı konuşma da sosyal medyada büyük yankı uyandırdı. Tekke, "Oynayacaksınız, oynayacaksınız... Oynayabiliyorsunuz, ben gördüm. Maç kaybedebilirsin. Oyna... Top onlardayken bas, bitti" şeklinde oyuncularına motivasyon verdi.
Son 15 yıl içinde Trabzonspor, Fenerbahçe'ye karşı Kadıköy'de aldığı sonuçlarla sarı-lacivertlilerin şampiyonluk yarışını engelledi. 2009-2010 sezonunda son haftada 1-1 berabere kalan Trabzonspor, Bursaspor'un şampiyonluğunu ilan etmesini sağladı. Geçen sezon ise Fenerbahçe'nin tek lig yenilgisini Trabzonspor'dan alması, sarı-lacivertlilerin şampiyonlukta Galatasaray'ın 3 puan gerisinde kalmasına yol açtı.
